2010年,异次元的的访客[MU]一族来到地球,由于回应人类的进攻,因此爆发了“MU大战”。MU最后占据了日本的首都东京,在四周展开了巨大的防护壁将城市笼罩起来,形成被称为“TOKYO JUPITER”的包围网,令城市内时间与外界相差了12年,并通过洗脑使城市里的2300万人相信自己是地球仅存的人类。2015年,地球各国联合组成的反MU组织“TERRA”,向“TOKYO JUPITER”发动攻击,城市中被洗脑的少年神名绫人因空袭与同学失散,在他走出隧道时,他发现天空中出现了奇怪形状的巨大兵器“多力武”,在混乱中绫人被2个人用枪胁迫要他跟他们走,幸得一名叫紫东遥的神秘女子所救,在紫东遥带他离开“TOKYO JUPITER”时,由于神秘力量的作用,飞机坠落,绫人在醒后遇见了他的同学美岛玲香,在玲香的指引下来到了位于东京湾的地下神殿,在那绫人见到了一棵巨大的蛋,就在他惊疑不定时,玲香唱起了歌,她的歌声使巨蛋裂了开来,露出了里面名为Rahxephon巨型机器人,绫人在见到Rahxephon时,奇异的与它产生了共鸣,最后绫人驾驶它和紫东遥一起冲出了“TOKYO JUPITER”……在反MU组织“TERRA”里,绫人遇到了如迷一般的少女如月久远。由于绫人是第一次来到外面世界,情绪非常烦躁,再加上Rahxephon被地球联合军运走,所以他被关了禁闭。在他关禁闭时,MU的巨型机器人对TERRA发起了进攻,在基地的人们快抵挡不住进攻时,绫人在禁闭室里奇迹般的召唤回了被运走的 Rahxephon,并用Rahxephon 一举击败了MU的巨型机器人的进攻,拯救了大家,绫人因此也加入了TERRA,与MU派来的巨型机器人进行了一次次的激烈战斗……
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